begann sein Dirgierstudium 1989 in Weimar mit den Hauptfächern Orchester- und Chordirigieren. Er besuchte die Klassen von Prof. Gunter Kahlert (Weimarer Staatskapelle), später Hans-Jörg Leipold (Leipziger Oper) sowie Chordirigieren bei Prof. Gert Frischmuth, MDR-Chor Leipzig.
Sein Operndebüt gab Thomas Bönisch mit Benjamin Brittens Albert Herring am Studiotheater Belvedere/Weimar. Daneben widmete er sich besonders der Kammerchor-Literatur, leitete zahlreiche Konzerte mit dem Johann-Sebastian-Bach-Ensemble Weimar und sang selbst im Kammerchor der Hochschule unter Gert Frischmuth mit.
Im Jahre 1993 führte ihn ein Studienaufenthalt an die Sibelius-Akatemia nach Helsinki, wo er bei Jorma Panula Orchesterdirigieren und bei Eric Olof Söderström Chordirigieren studierte.
Meisterkurse, u. a. bei Eric Ericson, Heinz Rögner und Ilja Musin schlossen sich an, bevor Thomas Bönisch 1994 sein erstes Engagement am Stadttheater Bremerhaven antrat. Hier wirkte er als Chordirektor und Kapellmeister und leitete neben zahlreichen Musiktheaterproduktionen auch einen Ballettabend mit Orffs Carmina Burana.
Im Jahre 1996 wechselte er ans Volkstheater Rostock. In diese Zeit fallen eine Einladung nach Sochi im Kaukasus mit W. A. Mozarts Requiem sowie eine Zusammenarbeit mit dem Kinder- und Jugendchor des Leipziger Gewandhauses.
Seit 1999 ist Thomas Bönisch am Oldenburgischen Staatstheater engagiert. Hier ist er neben der Choreinstudierung von Opern- und Extrachor auch als Dirigent im Musiktheater und Konzert tätig. Mit dem Opernchor des Oldenburgischen Staatstheaters gestaltet er regelmäßige thematische Sonderkonzerte.
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